ICS – project BBMRI.at – publication “Metadata Quality for Biobanks”

The research paper “Metadata Quality for Biobanks“, written by the ICS – BBMRI.at project group members Dr. phil. Volodymyr Shekhovtsov and O.Univ.-Prof. Dipl.-Ing. Dr. Johann Eder, is available on the following link:

https://www.mdpi.com/2076-3417/12/19/9578

The paper “Metadata Quality for Biobankshas been published in applied sciences on the 23th of September 2022 and is available as free full-text on the link over it.

Abstract

The mission of biobanks is to provide biological material and data for medical research. Reproducible medical studies of high quality require material and data with established quality. Metadata, defined as data that provides information about other data, represents the content of biobank collections, particularly which data accompanies the stored samples and which quality the available data features. The quality of biobank metadata themselves, however, is currently neither properly defined nor investigated in depth. We list the properties of biobanks that are most important for metadata quality management and emphasize both the role of biobanks as data brokers, which are responsible not for the quality of the data itself but for the quality of its representation, and the importance of supporting the search for biobank collections when the sample data is not accessible. Based on an intensive review of metadata definitions and definitions of quality characteristics, we establish clear definitions of metadata quality attributes and their metrics in a design science approach. In particular, we discuss the quality measures accuracy, completeness, coverage, consistency, timeliness, provenance, reliability, accessibility, and conformance to expectations together with their respective metrics. These definitions are intended as a foundation for establishing metadata quality management systems for biobanks.

 

Keywords: metadata; data quality; biobank; quality metrics

Universität Klagenfurt hat ihre herausragendsten Lehrenden mit dem Lehrepreis 2022 prämiert

Wer an der Universität Klagenfurt als Lehrende*r am besten ankommt, darüber entscheiden die Studierenden: Sie konnten Lehrveranstaltungen für den „Lehrepreis 2022“ nominieren. Die 14 am besten bewerteten Lehrenden haben dann Lehrkonzepte eingereicht, die von einer Jury bewertet und gereiht wurden. Die Preisträger*innen wurden nun am 24. November 2022 feierlich gewürdigt.

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Futurezone Awards: Projekt der Lakeside Labs GmbH gewinnt in der Kategorie „5G-Innovation des Jahres“

Insgesamt waren drei Projekte mit Bezug zur Universität Klagenfurt für Preise bei den Futurzone Awards nominiert. Die Preisträger*innen nahmen die Awards am 17. November 2022 in Wien entgegen.

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Der logische Weg (in die Informatik)

Alice Tarzariol stammt aus dem Veneto, ging für ihr Bachelor- und Masterstudium nach Udine und kam dann für das Doktoratsstudium an die Universität Klagenfurt. Ihre Arbeiten zu Logik finden international Beachtung, wie ihr kürzlicher Erfolg bei der International Conference on Logic Programming zeigt, wo sie den Best Student Paper Award gewann. Wir haben mit ihr über ihren Weg in die Informatik gesprochen.

Vielfältige Jobperspektiven waren für Alice Tarzariol, die als Doktorandin und Universitätsassistentin am Institut für Artificial Intelligence und Cybersecurity der Universität Klagenfurt forscht und lehrt, entscheidend dafür, dass sie sich für ein Studium in Computer Science entschieden hat. Alice Tarzariol ging dafür an die Università degli Studi di Udine. Nach Abschluss ihres Bachelorstudiums war sie fasziniert von den Möglichkeiten der Künstlichen Intelligenz, und setzte daher mit dem Masterstudium fort. Dafür wählte sie das Double-Degree-Programm mit der Universität Klagenfurt. „Ursprünglich hatte ich mich für ein Informatikstudium entschieden, weil es für mich eine sichere Zukunftsoption war, zum Beispiel im Vergleich zur Mathematik. Ich war mir nicht sicher, ob das mein Weg sein würde, aber ich wusste, dass ich damit auch nach dem BA-Abschluss einen guten Job finden würde. Doch je mehr ich darüber erfuhr, desto mehr faszinierte mich das Thema, so dass ich mein Studium fortsetzte“, erzählt sie.

An der Universität Klagenfurt absolviert Alice Tarzariol aktuell ihr Doktorat. Ihr Forschungsthema ist im Bereich der Wissensrepräsentation angesiedelt. „Logische Programmierung hat das riesige Potenzial, in eleganter und einfacher Weise Konfigurationsprobleme zu beschreiben, vor denen die Industrie in ihren Produktionsphasen jeden Tag steht“, erklärt sie. „Ein effizientes Logikprogramm zu schreiben, ist jedoch nicht einfach. Aus diesem Grund wende ich in meiner Forschung Techniken des maschinellen Lernens an, um die Effizienz bestehender Programme zu verbessern, indem ich versteckte Eigenschaften ausnutze, die schwer zu erkennen sind.“ Das Fundament ihrer Dissertation steht nun bereits auf festen Beinen, das verbleibende Jahr will Alice Tarzariol aber noch verwenden, um ihre Arbeiten noch weiter zu verbessern. Beiträge von ihr sind bereits auf Top-Konferenzen und in hochrangigen Journals – wie im Rahmen der International Joint Conference of Artificial Intelligence und im Machine Learning Journal – veröffentlicht. Zuletzt erhielt sie den Best Student Paper Award im Rahmen der International Conference on Logic Programming in Haifa/Israel.

Was das Fach der Computer Science für sie bereithalten würde, konnte sich Alice Tarzariol vor ihrem Studium noch nicht konkret vorstellen. „An meiner Schule lag der Fokus eher auf dem Bereich der Wirtschaftswissenschaften. Dank meiner Informatik- und Mathematiklehrer begann ich, mich für das Thema zu interessieren; an der Universität wurde ich dann regelrecht süchtig danach und realisierte, dass Informatik mehr ist als Programmieren, Programmieren, Programmieren“, so Alice Tarzariol, der das Fach der Mathematik immer sehr lag. Mittlerweile ist sie dort gelandet, wo sie ihre Begabung am besten einbringen kann – im Logik-Bereich der Informatik. Wir fragen sie danach, ob es jemals für Sie hinderlich oder gar förderlich gewesen sei, dass sie als Frau in einem noch immer von Männern dominierten Bereich studiert habe und erfahren: „Ich habe davon gehört, dass das ein Thema sei, aber ich muss ganz ehrlich sagen: Für mich hatte und hat das keine Bedeutung. Ich habe nie einen Unterschied erlebt und fühle mich total integriert.“

Alice Tarzariol würde am liebsten ihre akademische Laufbahn fortsetzen, auch wenn dies der schwierigere Weg sei und vieles – vor allem aufgrund kurzer Verträge – nicht vorhersehbar sei. „Mein Herz sagt mir, dass ich das Abenteuer fortsetzen möchte. Auch, weil ich sehr gerne unterrichte“, betont sie. Die Industrie hingegen bietet mehr Sicherheit und viele Möglichkeiten, sich beruflich weiterzuentwickeln. „Bis jetzt habe ich immer wieder interessante Positionen angeboten bekommen. Ich vertraue darauf, dass zum richtigen Zeitpunkt wieder das Richtige für mich kommt“, zeigt sich Alice Tarzariol zuversichtlich.